D
解:集合A={1,2,3,4,5},B={4,5,6},则满足S?A且S∩B≠?的集合S:
①含有元素4的满足条件的集合S有24:{4},{4,1},{4,2},{4,3},{4,5},{4,1,2},
{4,1,3},{4,1,5}},{4,3,2},{4,5,2},{4,3,5},{4,1,2,3}},{4,1,2,5},{4,5,2,3}},{}},{4,1,5,3},{4,1,2,3,5}.
同理含有元素5的满足条件的集合S也有24,但是上述两类集合重合的有23个.
∴满足S?A且S∩B≠?的集合S个数是24+24-23=24.
故选:D.