C
解：∵y=f（x）是奇函数，且f（-3）=0，∴-f（3）=0，可得f（3）=0
∵y=f（x）在（0，+∞）上单调递增，
∴当x∈（0，3）时，f（x）＜f（3）=0，此时xf（x）＜0；当x∈（3，+∞）时，f（x）＞0，此时xf（x）＞0
又∵奇函数y=f（x）在（0，+∞）上单调递增，
∴y=f（x）在（-∞，0）上单调递增，
可得：当x∈（-∞，-3）时，f（x）＜f（-3）=0，此时xf（x）＞0；当x∈（-3，0）时，f（x）＞0，此时xf（x）＜0
综上所述，可得不等式xf（x）＞0的解集为（-∞，-3）∪（3，+∞）
故选：C
