蛋白质工程是在分子水平上对基因分子直接进行操作，故A错；蛋白质工程能产生出自然界中不曾存在过的新型蛋白质分子，故B正确；对蛋白质的改造是通过直接改造相应的基因来实现的，故C错；蛋白质工程的过程：（1）根据中心法则逆推以确定目的基因的碱基序列：预期蛋白质功能→设计预期的蛋白质结构→推测应有氨基酸序列→找到对应的脱氧核苷酸序列(基因)；（2）最终还是回到基因工程上来解决蛋白质的合成。所以蛋白质工程的流程和天然蛋白质合成的过程是不同的，故D正确。故选BD分析： 考点1：基因工程、生物技术的安全性和伦理问题
