A
解：（1）互为同位素的原子含有相同的质子数和电子数，故正确；
（2）不同元素的原子其质子数（或电子数）一定不同，故错误；
（3）H2O和NH3具有相同的质子数和电子数，故正确；
（4）氖原子和水分子具有相同的质子数和电子数，故正确；
（5）一种原子和一种离子其质子数一定不同，故错误；
（6）一种分子和一种离子含有的质子数一定不同，故错误；
（7）钠离子和铵根离子具有相同的质子数和电子数，故正确；
（8）氢氧根和氟离子具有具有相同的质子数和电子数，故正确；
（9）一种阴离子和一种阳离子含有的质子数一定不同，故错误．
故选A．
